Verifique se você desativou acidentalmente o recurso "Colocar janelas" nas configurações de "Gerenciamento de janelas" no ccsm. Eu tive um problema semelhante ao seu e reativar o "Place Windows" para mim.
Alterei algumas configurações no compiz e agora as novas janelas estão muito altas e atrás do painel. As configurações que alterei estavam desativando apenas os efeitos visuais. É realmente chato sempre arrastar as janelas para baixo. Existe uma pergunta similar, mas nenhuma resposta real é dada.
O mesmo problema também existe com o papel de parede. Ele é colocado atrás do painel e você não pode ver essa parte da imagem.
Verifique se você desativou acidentalmente o recurso "Colocar janelas" nas configurações de "Gerenciamento de janelas" no ccsm. Eu tive um problema semelhante ao seu e reativar o "Place Windows" para mim.
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