Não; esse aviso é um bug. Na verdade, é impossível alinhar adequadamente uma partição estendida em um disco moderno, porque a estrutura de dados que ela contém é de apenas um setor em tamanho. Assim, não importa onde seja colocado, escrever essa estrutura de dados gravará apenas um setor, resultando no tipo de operação de gravação ineficiente que é a razão para alinhar partições de determinadas maneiras. Felizmente, isso não importa, já que as gravações na partição estendida (diferentemente das partições lógicas que ela contém) são extremamente raras. Além disso, estamos falando de apenas um setor, portanto, mesmo quando você o escreve, a redução de velocidade provavelmente não será perceptível.