Você está correto que o Byobu não captura Ctrl - PgUp e Ctrl - PgDn . No entanto, no Ubuntu, eles são capturados pelo Gnome Terminal e se movem entre as guias do Gnome Terminal.
Você pode ver este comportamento criando uma nova aba no Terminal Gnome com Ctrl - Deslocamento - t , e então pressionando Ctrl - PgUp e Ctrl - PgDn .