Não tem a reputação necessária para comentários, por isso postei isso como uma resposta:
Eu assumo que o HDD externo não é um SSD, mas um HDD "normal".
- Estava vazio?
- Quantos dados você copia? 1 TB inteira?
- Qual sistema de arquivos você usa? (FAT, NTFS, ext, ...)
- Você copia muitos arquivos pequenos ou um punhado de arquivos grandes?
Se o disco rígido não estava vazio e o FAT como sistema de arquivos foi usado, pode haver o problema, que arquivos grandes precisam ser divididos entre locais diferentes, o que geralmente fica mais lento.
Alguns sistemas de arquivos (ext por exemplo) distribuem os arquivos por todo o disco (o que é bom!), mas se você copiou primeiro muitos arquivos pequenos, você pode executar o mesmo problema quando grandes arquivos chegarem.
Quando um disco está quase cheio, o desempenho geralmente cai muito.
E, finalmente, a exibição da velocidade do nautilus não é muito precisa em geral.
Provavelmente já é tarde demais, mas você pode testar o desempenho de um disco por meio do programa „Discos“, se essa queda para 1 MB / s for um problema geral.