É possível atualizar para o Windows 8.1 a partir do Windows 8 sem perder aplicativos. Há duas coisas a serem observadas aqui: 1) O idioma da instalação deve corresponder ao idioma da interface do usuário padrão do seu sistema e 2) uma edição específica do Windows 8 só pode ser atualizada para sua edição equivalente ou superior.
Por exemplo, se você possui o Windows 8 Pro English-GB instalado, só poderá atualizar para o Windows 8.1 Pro inglês-GB ou Windows 8.1 Enterprise inglês-GB sem comprometer os dados do aplicativo.
Encontrei esta informação em este link e funcionou para mim.