As configurações dos programas X podem ser armazenadas no banco de dados de recursos do X. Você pode interagir com esse banco de dados por meio do utilitário xrdb , consulte man xrdb para obter detalhes.
Portanto, para obter a configuração atual para URxvt , use a opção -query :
xrdb -query | grep -i urxvt
Você receberá uma lista das opções explicitamente definidas no seu ~/.Xresources , por exemplo. Todas as outras opções provavelmente usarão o valor padrão, que você já extraiu da man page.