Você está assumindo que o SO irá expandir o * .png para você, mas como ele está enterrado dentro da string citada para o argumento da linha de comando, a expansão não acontecerá. Isso deve corrigir o problema:
SET gimpEXE="C:\Program Files\GIMP 2\bin\gimp-2.8.exe"
for %%i in (*.png) do %gimpEXE% -i -b "(batch-colorize %%i 90 73 15)" -b "(gimp-quit 0)"
Observe que %%i
é necessário apenas se isso estiver contido em um arquivo em lotes. Se você estiver executando o comando diretamente no prompt, %i
será necessário.