A resposta simples é sim, deve funcionar. Há muitos que encaixam uma placa PCIe x16 de algum tipo, geralmente uma placa de vídeo, em um slot PCIe x1 através da modificação manual do slot ou da placa. Ou seja, cortando a parte de trás do slot ou cortando um entalhe no cartão no local correto. Isso ocorre porque a especificação PCIe permite que as placas PCIe negociem automaticamente as faixas para cima ou para baixo.
Mas, às vezes, uma placa x16 não responde como supõe quando é modificada para o slot x1, mesmo que a especificação PCIe diga que deveria; e nisso não funciona. Mas esta é uma situação atípica. Existem slots x16 em placas que são apenas x4 ou x8 eletricamente por design. Mas entre cortar slots em placas ou cortar placas de circuito e abrandar as coisas 16x, às vezes há soluços.
Novamente, isso deve funcionar se você fizer as modificações corretamente.