Certifique-se de que a variável de ambiente PATH contenha o diretório bin do 1.7 JRE. Dessa forma, toda vez que você usar
java SomeClass
você usará o Java 7.
Para seu aplicativo da Web específico, inicie-o usando o caminho absoluto do comando Java 6:
/absolute/path/to/java6/bin/java ...
ou
c:\absolute\path\to\java6\bin\java ...
no Windows.