É definitivamente possível e não muito difícil usar o Sunrise Commander e o tramp (que é incluído por padrão em todas as distribuições GNU Emacs, AFAIK).
Dê uma olhada aqui para dicas sobre como comparar diretórios no SC, ou superficialmente ou recursivamente . Depois de ter as entradas que diferem em cada diretório, você pode aplicar a elas qualquer operação que precisar.