Não, não deve haver problemas ao usar unidades de taxas de rotação diferentes no mesmo servidor. A única diferença é que uma unidade pode ser mais lenta que a outra, portanto, haverá um pouco mais de latência ao acessar os pontos de montagem da unidade mais lenta.
* Nota: Isso pressupõe que as unidades não serão usadas em um RAID, mencionado pelo questionador. Mesmo que duas unidades de especificações diferentes sejam usadas em um RAID, isso não causará necessariamente problemas em todos os casos, mas fará com que a unidade de especificação mais alta seja executada como a unidade mais lenta. Então, basicamente, você está desperdiçando dinheiro em uma unidade cara quando combinado com uma unidade barata em uma matriz RAID, mas será funcional.