Apenas alguns pensamentos (eu estava procurando outra coisa e encontrei sua pergunta): talvez o procedimento de cópia tenha convertido os caracteres codificados em Unicode no nome para algum outro formato, ou retirado alguns caracteres de um dos nomes, para que o os nomes dos arquivos conteriam apenas um conjunto de caracteres que um determinado sistema de arquivos permite (ou seja, o NTFS proíbe caracteres como *:?) (você disse que estava usando compartilhamentos de rede). Talvez houvesse um espaço no nome do arquivo que foi truncado enquanto o procedimento de cópia funcionou? Além disso, você pode postar uma captura de tela de como ela se parece?
Se os arquivos estivessem em uma pasta compartilhada, como esses arquivos aparecem 'localmente' no PC que compartilhou os arquivos?
// edit: Eu estava procurando: por que o Windows não me permite criar um arquivo sem a extensão e uma pasta com o mesmo nome do arquivo na mesma pasta)
Os arquivos podem ser pontos de junção, links físicos, pontos de montagem (pontos de nova análise)?
Como esses arquivos aparecem na linha de comando?