1) Você não precisa abrir uma janela cmd separadamente. Você pode usar o comando start
seguido pelo caminho do exe. Verifique aqui: link
2) Para ler argumentos, você pode usar uma instrução como: set /p name= What is your name?
, que solicita ao usuário a pergunta "Qual é o seu nome?" e aceita a entrada na variável 'p'.
Confira aqui mais: link