Você provavelmente está executando o tmux 1.7 no seu Mac, mas algo mais cedo em suas outras caixas (o problema é específico da versão, não específico da plataforma).
Em tmux 1.7, uma barra invertida no final da linha é tratada como uma continuação de linha (para que você possa dividir comandos longos em várias linhas, como na maioria dos shells).
Você pode usar aspas para proteger a barra invertida de forma compatível com ambas as versões (a sintaxe é diferente, dependendo de você preferir aspas simples ou duplas):
set-option -g prefix 'C-\'
set-option -g prefix "C-\"