Parece que você ainda pode estar infectado pelo rootkit! Suas informações atualizadas e os diagnósticos feitos pelos outros membros da comunidade nos Comentários me dizem que "resultados incongruentes = algo errado".
Suspeito strongmente que você esteja obtendo resultados extremamente "estranhos", porque o dano causado pelo rootkit ainda está presente - ou é removido com sucesso, mas deixou o sistema quebrado; ou NÃO é removido e você ainda está sofrendo os sintomas dele.
Pessoalmente, não confiaria em meu sistema com nenhum tipo de dados confidenciais sem ter que usá-los em órbita se eu soubesse que tinha um rootkit. Você ainda pode encontrar uma solução simples dentro das entranhas do Windows Networking, mas se não, eu recomendo limpar o disco limpo e reinstalar a partir de uma partição vazia. AFAIK não rootkit ainda descobriu como persistir em instalações do sistema operacional, se você limpar o disco. Então essa é a boa notícia.
BTW, meu argumento para suspeitar que o rootkit ainda está presente: ele pode ter encontrado uma maneira de se esconder dos seus verificadores de vírus, etc., enquanto ainda permanece no sistema de uma forma menos detectável. Se ele entra no kernel do Windows, ele pode mentir para o sistema operacional sobre cada chamada do sistema, e pode manipular dispositivos de rede, sistema de arquivos, etc. para enganar programas (e scanners de vírus) em pensar em> que é removido, quando na verdade ainda está presente.
Os rootkits são para os computadores o que o "malvado enganador" representou para René Descartes. Se você não está familiarizado com o exercício da filosofia, a questão colocada é: como sabemos que nossa existência real não está em outro lugar, e nossos cérebros estão apenas conectados a uma máquina / equipamento / o que quer que esteja nos alimentando a impulsos para faz-nos pensar estamos realmente neste mundo? Como podemos romper com o ceticismo de que não estamos sob a influência de um "enganador maligno"? Bem, o rootkit é exatamente o mesmo problema, exceto que você não pode usar um argumento ontológico como Descartes, porque estamos falando sobre o mundo em um sentido de computação digital muito restrito. O rootkit é basicamente o último vírus: se feito perfeitamente, eles são todos indetectáveis.