Para evitar arquivos /.Spotlight, você deve evitar que unidades de indexação externas do Spotlight sejam exibidas.
Para fazer isso em uma unidade específica, adicione um arquivo chamado .metadata_never_index ao diretório raiz da unidade removível.
Você também pode evitar completamente a indexação do Spotlight, mas percebi que não era isso que você procurava.
Para impedir que arquivos .DS_Store sejam criados:
defaults write com.apple.desktopservices DSDontWriteNetworkStores true
Mais informações Aqui (e mais arquivos que você pode evitar) e aqui