Se você está logado como root, então ~ irá levá-lo ao diretório inicial da raiz. Provavelmente você precisa procurar em /home/USERNAME/.config/google-chrome/Default /
O arquivo é chamado de Favoritos.
Substitua USERNAME pelo seu nome de usuário real.
Além disso, tenha em mente que o Ubuntu, como muitas distribuições linux, diferencia maiúsculas de minúsculas com arquivos e diretórios.
Off Topic, você não deve estar logando como root. Normalmente, a maioria das pessoas usará sudo se precisar executar um comando como root.
[Editar comentário do RE]
se você estiver logado como root no seu terminal e estiver vendo bin, etc, lib, home, root etc. , significa que você está na "raiz" da sua unidade. Semelhante a estar em C:.
~ é um atalho para o diretório pessoal do usuário atual. Como você está logado como root e faça cd ~ , isso levará você para /root/ . No entanto, as configurações do Google Chrome provavelmente foram armazenadas na sua conta de usuário normal, localizada em /home/USERNAME .
Sempre que você vir um .FOLDERNAME , significa que está oculto. Se você fizesse ls , a pasta não seria mostrada.
Então, se você está logado como root ou usuário, faça isso:
cd /home
ls
#you will see a directory that is named your normal useraccount
cd USERACCOUNT
cd .config
cd google-chrome
cd Default
#you can then edit your Bookmarks file by using PICO, VI, GEDIT, etc
#(whichever editor you have installed)
gedit Bookmarks
or
sudo apt-get install nano -y && nano Bookmarks
#the above command will install nano (terminal based text editor)
#and then use nano to edit Bookmarks