Use a ferramenta "GParted" disponível no Ubuntu Software Center (o nome do pacote é apenas "gparted") para criar uma nova partição NTFS para o Windows usar. Observe que pode ser necessário que seja uma partição primária (em oposição a uma partição lógica ou estendida).
Para criar a unidade USB inicializável com o instalador do Windows, você encontrará instruções em outros lugares da web . Quando estiver no instalador, certifique-se de especificar a partição que você criou usando o GParted, em vez de permitir que o Windows ocupe todo o disco.