Um roteador configurado adequadamente com um firewall embutido e conversão de endereço de rede (NAT) deve fornecer proteção razoável.
Existem muitos sites que realizam uma varredura de portas e informam quais serviços de compartilhamento de arquivos e outros serviços são visíveis através do seu roteador. Por exemplo, "Shields Up" em www.grc.com.
Existem outros serviços, você também pode fazer isso usando um scanner de porta como o nmap
É uma boa prática usar ids de usuários e senhas para proteger seus compartilhamentos de arquivos. O Windows permite que você escolha o nível de segurança. O Samba no Linux pode trabalhar com pelo menos alguns tipos de segurança de compartilhamento de arquivos do Windows (já faz um tempo que eu usei).