A porta não terá impacto. Você pode usar qualquer um.
Estou instalando um controlador HP P410 RRAID em um HP Proliant DL320 G6. O cartão tem duas portas SAS, mas eu só preciso de uma. Importa qual das duas portas eu uso? Não há indicação no próprio cartão. Eu não sei se as placas RAID funcionam como RAM, onde você deveria usar certas portas / slots primeiro.