Não, como o spybot verifica arquivos, seu software antivírus ativo também está assistindo, se o spybot examina um arquivo e não o relaciona como um malware, mas o seu antivírus o captura, eu o vi algumas vezes durante a varredura do PC usando o Spybot, o MBAM e o SAS.
Nenhum antivírus ou scanner único tem 100% de assinaturas de malware em seus arquivos dat de detecção, outro motivo para usar mais de um scanner sob demanda, quando o Spybot é executado, executa o MBAM e, quando executado, executa o SAS
O que você não quer é que 2 softwares antivírus ativos sejam instalados ao mesmo tempo, o Norton e o McAfee, por exemplo.