Ok, a solução é iniciar o daemon de transmissão em primeiro plano ( não esperar fork ou daemon ) e esse start-stop-daemon
cria o arquivo pid.
O roteiro completo:
description "Transmission daemon for user"
start on (local-filesystems and net-device-up IFACE=eth0 and runlevel [235])
stop on runlevel [016]
kill timeout 50
respawn
env USER=user
env PIDFILE=/var/run/transmission-user.pid
script
DAEMON=$(which transmission-daemon) || exit 0
CONFIGDIR=/home/$USER/.config/transmission-daemon
exec start-stop-daemon --start --quiet --chuid $USER --pidfile $PIDFILE --make-pidfile --exec $DAEMON -- -f --config-dir $CONFIGDIR --logfile $CONFIGDIR/daemon.log
end script
post-stop exec rm -f $PIDFILE