Você não pode fazer um script de wrapper.
Supondo que o programa se baseia no nome do arquivo para determinar o script (provável):
#!/bin/sh
exec /usr/local/android-ndk-r5/ndk-build "$@"
Supondo que o programa se baseia no diretório de trabalho atual (improvável):
#!/bin/sh
cd /usr/local/android-ndk-r5
exec ./ndk-build "$@"
Salve um desses arquivos em /usr/local/bin/ndk-build
e torne-o executável:
sudo editor /usr/local/bin/ndk-build
sudo chmod 755 /usr/local/bin/ndk-build