Você está correto em seu entendimento: por padrão, mirror tentará sobrescrever arquivos - até mesmo arquivos mais recentes - com o que você estiver baixando (ou carregando, no caso de mirror -R ).
Is that not backwards to what's useful?
Depende do seu ponto de vista. A idéia de mirror -ing é fazer uma duplicata exata dos arquivos / diretórios remotos, independentemente de quais alterações possam ter sido feitas nos arquivos locais desde a última vez em que mirror foi executado.
Veja também a configuração xfer:clobber se você quiser uma maneira mais direta de ignorar todos os conflitos de sobregravação possíveis.