De acordo com o seu esclarecimento de que você simplesmente está dizendo que o jumper está faltando, que eu saiba sobre a maioria das placas-mãe modernas, isso simplesmente não importa. Os dois pinos que você conecta para desarmar o RTC estão ligados, mas o terceiro pino não faz nada e está lá para que o jumper permaneça na máquina.
Dito isso, para os problemas que você está tendo, não será demais restaurar o CMOS e, em seguida, fazer um flash limpo da revisão mais recente do BIOS e redefinir suas configurações do zero. Na ausência de um jumper, você pode simplesmente conectar os dois pinos por alguns segundos com uma chave de fenda ou um canivete.