Não estou ciente de uma maneira de fazer isso com um script em lote, mas você pode usar o seguinte VBScript:
Set objWMIService = GetObject("winmgmts:\.\root\cimv2")
Set objConfig = objWMIService.Get("Win32_ProcessStartup")
objConfig.SpawnInstance_
objConfig.X = 100
objConfig.Y = 100
Set objNewProcess = objWMIService.Get("Win32_Process")
intReturn = objNewProcess.Create("cmd.exe", Null, objConfig, intProcessID)
Ele usa a classe WMI Win32_ProcessStartup - você pode encontre mais detalhes aqui .
Altere o valor de objConfig.X e objConfig.Y para definir o local X e Y de onde o Prompt de Comando deve ser aberto.