Formatar um volume significa que todo o sistema de arquivos é criado a partir do zero. Arquivos, diretórios, junções, links simbólicos são iguais, pois são objetos do sistema de arquivos e desaparecem da mesma maneira. Se você formatar C:\
, a junção C:\Users\user1
terá que ser mklink
novamente.
O destino da junção não é afetado de forma alguma - afinal ele está localizado em um volume diferente, E:\
.