Tente criar um atalho como
%Windir%\System32\cmd.exe /C C:\BIN\batchfile.bat
Se isso não resolver por conta própria, tente o seguinte.
To resolve this problem, change the Start in value in the Command Prompt Properties dialog box or in the Notepad Properties dialog box.
To do so, follow these steps:
Click Start, point to All Programs, and then point to Accessories.
Right-click Command Prompt or Notepad, and then click Properties.
In the Start in box, change the value from %HOMEDRIVE%%HOMEPATH% to a system-wide value such as %WINDIR%.
Click OK.
Consulte o link para obter detalhes completos.
Se você quiser ver mais do que está acontecendo com o seu método original, você pode abrir um prompt de comando como admin e digitar
%windir%\System32\cmd.exe /C "C:\bin\batchfile.bat" "C:\THIS WILL FAIL"
Isso causará um erro sem carregar o arquivo batch, uma vez que ele falha em alguma análise de linha de comando.