Não há razão para renomear o arquivo, e se você abrir (Cx Cf) primeiro e depois entrar no modo de organização (Mx org-mode) você já terá informações suficientes para discernir se é grande demais para o emacs, ou se há alguma formatação estranha em que o modo de organização é ativado.
Também recomendo que você leia as macros do teclado para facilitar a formatação inicial de cada nota em um item de estrutura de tópicos do modo de organização.