Eu tive um problema semelhante. Minha unidade Seagate USB3.0 não estava sendo reconhecida no momento da inicialização (nem no Windows7 nem no Ubuntu). Eu adicionei uma linha com a palavra usb_storage
em /etc/modules
e agora ela está sendo reconhecida pelo Ubuntu.
No entanto, o Windows7 ainda tem problema reconhecido no momento da inicialização. Espero que alguém tenha uma solução para isso.