Se você estiver no Windows XP, poderá usar o utilitário Windiff.exe para comparar dois diretórios.
Outra alternativa é usar o WinMerge , que é uma ferramenta de diferenciação e mesclagem de código aberto para o Windows. O WinMerge pode comparar pastas e arquivos, apresentando diferenças em um formato de texto visual que é fácil de entender e manipular. Abaixo estão alguns screenies.
Resultados da comparação de pastas:
Visualizaçãoemárvoredacomparaçãodepastas: