Normalmente não há diferença entre botas quentes e frias. Quando um aplicativo solicita uma reinicialização, ele geralmente não se importa se você reiniciar ou desligar o computador completamente e, em seguida, iniciar. É provavelmente mais específico do BIOS do que o específico do SO.
As exceções notáveis são alterações de hyperthreading e virtualização no nível do BIOS 1 . Freqüentemente, eles exigem um desligamento completo e não energizado depois de confirmar que as alterações entrem em vigor.
(1) Pelo menos como eu observei com processadores Intel.