Isso não é normal. Normalmente, isso ocorre quando não é executado em grande quantidade de tempo (sem ter certeza do que realmente é) ou quando um problema relacionado ao disco rígido é detectado.
Ele tentará ser executado toda vez que você iniciar sua máquina até que ela seja totalmente concluída.
Se você quiser pará-lo, digite:
chkntfs /x c:
(Substitua c:
por qualquer unidade que esteja sendo verificada).
Também é possível remover AutoCheck
da inicialização usando Autoruns ou diretamente do Regedit , mas eu não recomendaria esse método.