O host emulou o driver IDE / SATA, para que o host faça a gravação no arquivo. Você pode configurar uma unidade de VM para acessar uma partição diretamente, mas isso é para casos especializados.
Mantenha o ext3 para o seu host e formate o disco virtual como NTFS. Você não deve ter muitos problemas de desempenho. Eu corro minhas unidades de VM fora de uma segunda unidade, separada dos meus arquivos do sistema operacional Ubuntu.