O gerenciador de pacotes primeiro faz o download de todos os pacotes e, em seguida, os instala. Enquanto estiver baixando, você pode interrompê-lo a qualquer momento sem problemas.
A interrupção após a instalação ter sido iniciada pode, às vezes, quebrar as coisas e você deve evitar isso, se possível.
Geralmente iniciar o processo de atualização novamente continuará funcionando bem, talvez solicitando que você execute algum comando a partir da linha de comando. Mas é melhor você não desligar o sistema antes que todas as atualizações sejam concluídas.