Você pode usar o Application Compatibility Toolkit (ACT) para fazer isso, link .
Primeiro você escolhe as configurações de compatibilidade do aplicativo e salvará em um arquivo SDB.
Em seguida, para instalar o SDB, use o seguinte comando.
sdbinst -q <path to sdb file>
Então, sempre que você executar o EXE desejado, o Windows aplicará as configurações de compatibilidade.