Se você quer que o vim e o gvim usem o mesmo esquema de cores, coloque a configuração em .vimrc. A menos que seja sobrescrito em .gvimrc, o gvim usará o que estiver especificado em .vimrc:
colorscheme XYZ
Você não pode ter o vim e o gvim exatamente iguais; O vim, rodando em um terminal, não tem controle sobre a cor do plano de fundo. Além disso, a menos que você esteja executando um terminal de 256 cores, a gvim tem muito mais cores disponíveis para uso em esquemas de cores (esquemas de cores que podem ou não ser usados). Se você quiser que eles sejam exatamente iguais, talvez seja necessário criar / custimar seu próprio tema.
Então, se você tem um terminal que suporta 256 cores, defina
export TERM=xterm-256color
antes de executar o vim e esperar que o esquema de cores XYZ tenha a mesma aparência no vim que no gvim:)