Existem diferenças entre os dois. Principalmente no uso de recursos pelo sistema operacional e também na maneira como o kernel lida com vários processos. Isso é mais pronunciado ao usar uma versão do servidor do Linux, como a edição do servidor Ubuntu ou o CentOS. Em geral, seu banco de dados funcionará melhor no linux, no entanto, isso realmente é apenas um problema com alta simultaneidade (muitos usuários). Então, se você planeja em uma tonelada de usuários em seu site ao mesmo tempo com muitas transações de banco de dados ou um aplicativo web pesado, ou está usando hardware mais antigo, vá com linux ou um BSD unix. Caso contrário, use o que for mais confortável ou mais divertido.