Da última vez que fiz isso, com uma placa-mãe ASUS e Windows 7, a ferramenta piscando caiu no meio da operação de flash. Placa-mãe emparedada! Eu tive que comprar uma nova placa-mãe (e ainda não sei o que fazer com a placa de tijolos).
Eu recomendo strongmente contra o flash dentro do sistema operacional. É melhor você usar outros meios: as placas-mãe mais recentes suportam flash de uma chave USB hoje em dia.