Eu tive um problema semelhante no meu X41 recentemente. Eu tenho um mouse Bluetooth e usei as portas USB para conectar um GPS e o slot do cartão SD para ler um cartão SD da câmera. Eu tinha alimentado o laptop e voltado para cima pensando que isso resolveria o problema do USB - mas ele voltava intermitentemente.
A mensagem de erro "Erro USB" apareceria - às vezes 5 ou 6 vezes seguidas. Eu fechava a janela pop-up e continuava trabalhando.
Um dia, o PC desligou enquanto estava na bateria e não ligou novamente, o que significa que pressionar o botão liga / desliga não fez nada. Eu pensei que era torrada. Eu tentei remover a bateria, colocando uma boa bateria - conectando a fonte de alimentação. Nada funcionaria. Eu pesquisei o problema do thinkpad - não liguei - e encontrei um post falando sobre a remoção da fonte de alimentação e da bateria, pressionando o botão liga / desliga dez vezes e finalmente na 11'th press - mantendo pressionado o botão liga / desliga por 30 segundos. Eu pensei - "yah certo" - mas deu uma chance e deu certo!
O Thinkpad voltou-se - e funcionou por cerca de 3 horas - e depois desligou novamente - desta vez com o A / C ligado. Eu refiz o botão de ligar 10 vezes a rotina - tive que fazer um par de vezes. Ele voltou.
Limpei arquivos temporários no disco e executei um chkdsk com a configuração "verificar todos os setores". O laptop correu a noite fazendo essa verificação de disco - e de manhã ainda estava ligado. Desde então, não tive mensagens de 'erro de USB' - e está funcionando bem.
Então, talvez tente um chkdsk de disco completo e veja se isso corrige alguma coisa.