Se eu entendi a pergunta, você está disposto a mover a unidade para funcionar manualmente, mas não quer se lembrar de quais arquivos foram alterados, certo?
A solução simples é algo como o SyncToy 2.0 da Microsoft . Você pode configurar isso para sincronizar automaticamente seus dados com a unidade externa. Toda vez que você leva para casa, pode executar o script de brinquedo de sincronização e tudo na unidade se parecerá com os dados da máquina doméstica. Então você pode trazê-lo de volta ao trabalho para armazenamento.