Meu voto vai para TrueImage, um dos raros softwares comerciais que eu uso. Funciona muito bem, tem toneladas de opções e não é tão caro (~ 50USD). A versão 2010 tem um novo recurso interessante, o Try & Decide, que tira um instantâneo de toda a sua unidade que você pode reverter para mais tarde (eu uso para testar novos softwares).
No lado do Linux, eu uso rsnapshot . Eu acho que você poderia expor suas unidades do Windows em SMB e, em seguida, usar o rsnapshot nelas também.