Você pode verificar arquivos compartilhando e mapeando a raiz dos HDDs em seu servidor. Isso não permitirá que você verifique o registro, cópias de sombra, pontos de restauração do sistema, etc. Você precisa de um cliente local para estar realmente seguro. Sem mencionar que fazer as varreduras em volumes remotos perde a proteção ao acessar que muitos antivírus têm.
No que diz respeito à atualização / administração centralizada de instalações de AV locais, você pagará um braço e uma perna por algo como o McAfee ePO ou o equivalente da Symantec. Para uma situação doméstica, uma solução AV gerenciada centralmente tem custo proibitivo.