Além da seção de Preferências do Sistema "Modifier Keys", eu não acho que um aplicativo possa sobrescrever o comportamento da tecla caps lock.
Tenho certeza de que o evento chave Caps Lock não é passado para os aplicativos, nem pode substituir o efeito de alternância. Talvez você possa fazer algo pelo qual monitora o estado da tecla Caps Lock e enviar alt quando muda .. mas isso é extremamente complicado e um pouco inútil (não funcionaria se você mantivesse a chave ..)
Você realmente precisa da tecla caps lock em outros aplicativos?
Em caso afirmativo, talvez você possa escrever um AppleScript para alternar o mapeamento de tecla Caps Lock? Por exemplo, no pseudo-código:
loop forever:
if frontmost application == "Aquaemacs":
keys.capslock = "Meta"
else:
keys.capslock = "Default
Não deve ser difícil usar o AppleScript, o código do este tópico de suporte da Apple deve ser um bom começar:
tell application "System Preferences"
activate
set current pane to pane "com.apple.preference.keyboard"
end tell
tell application "System Events"
tell application process "System Preferences"
get properties
click button "Modifier Keys..." of tab group 1 of window "Keyboard & Mouse"
tell sheet 1 of window "Keyboard & Mouse"
click pop up button 1
click menu item "No Action" of menu 1 of pop up button 1
delay 3
click button "OK"
end tell
end tell
end tell