A limitação técnica do buffer de backscroll no Windows (não apenas no Win10) não é 9999, mas sim 32766.
Você não pode alterá-lo através das propriedades da janela do console, mas pode escrever um pequeno programa que chama SetConsoleScreenBufferSize
e defini-lo para o valor desejado.
Ou apenas use terminais alternativos como ConEmu .