O Blackberry e o Blackberry Enterprise Server são quase certamente o seu problema. Eu tive problemas semelhantes em minha (ligeiramente diferente) configuração desde que eu tenho o meu BB. Tanto quanto eu posso dizer, o problema é que o BES continuamente exclui e recria e-mails no servidor. Em outras palavras, é uma porcaria e não há realmente nada que você possa fazer sobre isso.