Pode ser um problema de keepalive.
O RDP não envia tráfego a menos que seja necessário, e pode ser que sua conexão ache que nada está acontecendo e está sendo fechado.
No servidor RDP (assume o servidor 2003):
- Clique em Iniciar, clique em Executar, digite gpedit.msc e, em seguida, clique em OK.
- Expanda Configuração do computador, expanda Modelos administrativos, expanda Componentes do Windows e clique em Serviços de terminal.
- No painel direito, clique duas vezes Conexões Keep-Alive.
- Clique em Habilitado e, em seguida, clique em OK.
- Feche o Editor de Objeto de Diretiva de Grupo, clique em OK e saia do Active Usuários e Computadores do Diretório.