Não use 0
como delimitador de registro, é mais conveniente usar 777
perl -0777 -pe 's/\R+\centering\R+/\n/g' example.md
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produz o resultado desejado.
De documentação :
The special value 00 will cause Perl to slurp files in paragraph mode. Any value 0400 or above will cause Perl to slurp files whole, but by convention the value 0777 is the one normally used for this purpose.