Como posso rolar uma janela quando o cursor do mouse está sobre uma janela que não tem foco?
Você pode usar o katmouse para isso:
The prime purpose of the KatMouse utility is to enhance the functionality of mice with a scroll wheel, offering "universal" scrolling: moving the mouse wheel will scroll the window directly beneath the mouse cursor (not the one with the keyboard focus, which is default on Windows). This is a major increase in the usefulness of the mouse wheel.
Katmouse funciona como descrito no Windows 7 e é confirmado pelo OP como também trabalhando no Windows 8.1
É software livre, mas o autor fornece uma maneira de fazer uma doação, se você quiser.
Aviso de isenção
Eu não sou afiliado com o katmouse de qualquer forma, eu sou apenas um usuário final do software.