Suponha que sua entrada tenha 3 faixas de áudio e legenda ao lado de uma trilha de vídeo e, em seguida, mude o vídeo, a 2ª faixa de áudio e a 1ª + 3ª faixa de legenda, use
ffmpeg -i in.mkv -c copy -map 0:v -map 0:a:1 -map 0:s:0 -map 0:s:2 out.mkv
O FFmpeg, afaik, não define corretamente sinalizadores padrão para fluxos, portanto, sua melhor opção é alterar a faixa padrão pretendida. Suponha que, no exemplo acima, você quisesse que o terceiro fluxo de legendas fosse o padrão, você usaria então
ffmpeg -i in.mkv -c copy -map 0:v -map 0:a:1 -map 0:s:2 -map 0:s:0 out.mkv
(A ordem dos argumentos do mapa define a ordem dos fluxos na saída)